Software



AquaEcology entwickelt webbasierte Software für den Einsatz im Bereich Biodiversitätsforschung. Hauptziel ist die Unterstützung des Forschers bei der Sammlung, Konvertierung und Analyse von Daten, indem ihm entsprechende Datenbanken und Tools zur Verfügung gestellt werden. Dadurch kann er sich bei seiner Arbeit viel stärker auf die Interpretation und Analyse der Daten konzentrieren als auf das Datenmanagement.

Zurzeit bietet AquaEcology ein Portfolio von Softwareprodukten an, die alle auf derselben Philosophie und auf einem modularen Aufbau basieren:

  • biodivDP, ein originäres Informationssystem, das sowohl für die Sammlung als auch für die Verbreitung von Biodiversitätsdaten eingesetzt werden kann.

  • OrgaCount, eine neuartige, wissenschaftliche Software,die speziell zum Zählen von Organismen aus verschiedenen taxonomischen Gruppen erstellt wurde.

Die folgenden Abschnitte geben Ihnen einen Überblick über diese Produkte.




biodivDP


Was bedeutet biodivDP?



Das Softwarepaket biodivDP ist ein originäres Informationssystem, das sowohl für die Sammlung als auch für die Verbreitung von Biodiversitätsdaten eingesetzt werden kann. Das System hat eine Reihe von Eigenschaften, die es für einen weiten Bereich von Projekten einsetzbar machen, sowohl für wissenschaftliche Fragestellungen, aber auch für eine breitere Öffentlichkeit. Die interne Organisation ermöglicht das Verwalten von Informationen auf verschiedenen abstrakten Ebenenen, ohne die Qualität der Urpsrungsdaten zu beeinflussen.

biodivDP bietet ein Vorlagensystem ("Templates") für alle Organisationsebenen. Durch einen stringenten modularen Aufbau sind Änderungen und zusätzliche Programmierung an der Benutzeroberfläche sehr einfach. Da das Design von den Datenbankfunktionen getrennt ist, kann die Benutzeroberfläche sehr leicht auch durch solche Anwender verändert werden, die nur einfache Programmierkenntnisse haben.

Durch den Einsatz von AJAX verfolgt biodivDP ein völlig neues Navigationskonzept: Es gibt keine Begrenzung für die Anzahl von Funktionsmodulen, die in der Oberfläche zur gleichen Zeit geladen sind; dadurch hat der Benutzer die Möglichkeit, verschiedene Arten der Information zur selben Zeit abzurufen.

Die Flexibilität von biodivDP erstreckt sich über die technischen Aspekte hinaus bis tief in die rein biologischen Anwendungen hinein, die sich mit Schwerpunkt auf das Verwalten taxonomischer Gruppen, spezieller Habitate und geografischer Bereiche konzentrieren.

biodivDP akzeptiert eine unbegrenzte Anzahl von taxonomischen Standards und Klassifizierungsschemas. Diese Eigenschaft hält die Primärinformation stets aktuell, ohne dass Daten neu aufgearbeitet werden müssen. Außerdem können alternative Untersuchungen durch Nutzer mit unterschiedlichen Ausbildungstiefen, verschiedenen wissenschaftlichen Ausrichtungen oder Arbeitsbereichen mit einbezogen werden. Das Datenmodel kann ohne zusätzliche Programmierung durch eine ungegrenzte Anzahl von zusätzlichen Feldern erweitert werden, um sich bestimmten Standards anzupassen (Darwin Core, ABCD, benutzerdefinierte Felder). Durch diese Flexibilität ist das biodivDP-System auch für Monitoringprojekte und Arten- bzw. Bildkollektionen sowie für Datenprovider für OBIS oder GBIF geeignet.


Besonderheiten von biodivDP


Das bekannteste und international akzeptierte und benutzte Beispiel einer Anwendung von biodivDP ist die Biodiversitätsdatenbank PLANKTON*NET:
PLANKTON*NET ist ein Datenrepositorium für Plankton-bezogene Information unter Berücksichtigung aller Phyto- und Zooplanktontypen vom marinen bis in den Süßwasserbereich und verwendet biodivDP für die Sammlung wie auch Verbreitung dieser Daten.
PLANKTON*NET wurde in Kooperation mit dem Alfred-Wegener-Institut für Polar- und Meeresforschung (AWI) in Bremerhaven erstellt und wird in enger Zusammenarbeit ständig weiterentwickelt. Die Datenbank wird vom AWI gehostet und ist unter http://planktonnet.awi.de erreichbar.



Modularer Aufbau

biodivDP hat einen streng modularen Aufbau, der Änderungen und zusätzliche Programmierungen an der Benutzeroberfläche stark erleichtert. Die Oberfläche ist in Fensterkonsolen unterteilt, die eigenständig verschiedene Module für die jeweiligen Bereiche laden und ausführen können: Tools und Informationen. Die Anwendung bietet ein Vorlagensystem für jede Organisationsebene an; dadurch ist die Benutzeroberfläche sehr weitgehend an die Benutzerbedürfnisse anpassbar: Sichtbarkeit, Position und Größe jeder Fensterkonsole können durch den Administrator verändert werden, ohne in den eigentlichen Code eingreifen zu müssen. Die Fenster können auch durch den einfachen Benutzer selbstständig sortiert und größenangepasst werden, und die Einstellungen werden automatisch gespeichert.


Neues Navigationskonzept

biodivDP hat ein völlig neues Navigationskonzept: Es gibt keine Begrenzung für die Anzahl der Programmmodule, die zur selben Zeit geladen sind. Diese Eigenschaft macht es möglich, dass verschiedene Arten der Information zur gleichen Zeit abgerufen werden. So kann der Nutzer in verschiedenen, gleichzeitig geöffneten Fensterkonsolen beispielsweise die Datenbank durchsuchen, parallel die Details eines Datensatzes einsehen und zur selben Zeit noch Daten eingeben, ohne mit Vorwärts-/ Rückwärtsnavigation des Browsers jeweils eine dieser Tätigkeiten unterbrechen zu müssen.


Trennung von Design und Funktion

Jedes Modul wird durch zwei Hauptkomponenten bestimmt: eine, die die Datenbankinteraktion betrifft, und eine zweite, die mit dem Design der Benutzeroberfläche verbunden ist. Da das Design von der Datenbankfunktionalität entkoppelt ist, kann die Benutzeroberfläche auch von Nutzern angepasst werden, die nur über grundlegende Programmierkenntnisse verfügen. Es kann aber auf Wunsch für den interessierten Kunden auch Unterstützung bei der Einrichtung eines funktionsfähigen biodivDP-Systems angeboten werden. Dabei können speziell angepasste Versionen der Software und zusätzliche Tools entwickelt werden, die die jeweiligen Erfordernisse des Projektes erfüllen. Fragen Sie einfach nach unserem Support.


Dateneingabe

biodivDP stellt eine Reihe von Eingabe-Tools für Proben und damit verbundene Information zur Verfügung; hierzu gehören zum Beispiel Werkzeuge zum Einlesen von geografischen Positionen, Bildern, Bilderserien, Taxon-Beschreibungen etc., die gleichzeitig dafür sorgen, dass die Beziehungen zwischen den einzelnen Einheiten immer erhalten bleiben. Die Dateneingabe- und Editier-Tools können direkt von der grafischen Benutzeroberfläche aus aufgerufen werden, um jederzeit ein schnelles Datenmanagement durch Eingabe und Korrekturen zu gewährleisten.


Die interne Organisation des biodivDP-Systems ermöglicht die Verwaltung von Informationen auf verschiedenen abtrakten Ebenen, ohne die Qualität der Ursprungsdaten zu beeinflussen.

Zeitlich oder örtlich hochaufgelöste Informationen über Proben, die relevant für die wissenschaftliche Gemeinschaft sind, können unter verschiedenen Aspekten so zusammengestellt werden, dass sie auch von einem breiteren Publikum verwendet werden können.






Sowohl taxonomisch ausgerichtete als auch Biodiversitäts-Programmmodule machen die Software für jeden taxonomischen Bereich und alle geografischen Skalen einsetzbar.

biodivDP enthält Module für die Anzeige von Informationen über Beobachtungen, Bilder, geografische Verteilungen, Klassifizierungen, Details über Taxon und Namen, Glossar-Einträge, Bilderserien, Literatur etc.

Die modulare Struktur, der Einsatz neuer Technologie und ein neues Navigationskonzept ermöglichen eine Weiterentwicklung von biodivDP weit über die Grenzen einer normalen Biodiversitätssoftware hinaus.

In diesem Beispiel ist ein Werkzeug zum online Schreiben von Kommentaren und Anmerkungen direkt an ausgewählte Bilder in das Bilddetailmodul integriert. Andere projektbezogene Tools und Module können schnell entwickelt und leicht in biodivDP integriert werden.









OrgaCount


Warum OrgaCount?



OrgaCount ist eine neuartige, webbasierte wissenschaftliche Software von AquaEcology, die speziell zum Zählen von Organismen aus verschiedenen taxonomischen Gruppen erstellt wurde. Aktuelle Versionen sind bereits für Phytoplanktonanalysen implementiert. Die Anwendung kann für die Berechnung von Biovolumina und für weitere statistische Analysen im Planktonmonitoring eingesetzt werden.


Im Gegensatz zu anderen, ähnlichen Anwendungen läuft OrgaCount optimal in einer Serverumgebung verbunden mit dem Internet, kann aber optional auch lokal auf einem vorkonfigurierten Mobilgerät verwendet werden. Webbasierte Installationen haben viele Vorteile hinsichtlich der Kompatibilität, der Zugangsmöglichkeiten für den User und des Update-Services. Ein Beispiel für die Serverversion von OrgaCount findet sich auf dem AquaEcology-Server.


Einer der bestechenden Vorteile der webbasierten Installation ist der Umstand, dass diese nicht von einem bestimmten Betriebssystem abhängig ist und überall dort, wo ein Internetanschluss verfügbar ist, genutzt werden kann. Das macht es möglich, dass viele Nutzer gleichzeitig und auf ihrem eigenen System an derselben Datenbank arbeiten, und das ganz ohne Installation von zusätzlicher Software.


Das OrgaCount-Datenbanksystem

  • gewährleistet, dass Bewertungsdaten in einer Datenbank zentralisiert werden können, ohne dass Import-/Export-Vorgänge erforderlich sind.

  • kann von überall her in der Welt über Intetnet erreicht werden; das bedeutet, dass alle Teilnehmer eines nationalen oder internationalen Projekts dieselbe Softwareinstallation nutzen können, auch wenn die Laboratorien an völlig verschiedenen geografischen Orten liegen.

  • speichert seine Daten in einer betriebssicheren Datenbankumgebung basierend auf einem nicht-proprietären Format; die Daten können jederzeit über die OrgaCount-Benutzeroberfläche ausgelesen werden, aber erfahrene Benutzer können über andere Datenbanksoftware oder befehlsgesteuerte Programmtools auch direkt auf die Daten zugreifen.

  • läuft unter dem Content-Management-System biodivDP, das nicht nur für Datenerhebungen eingesetzt werden kann, sondern auch für das Zurverfügungstellen von Daten, Projektarbeiten, Web-Reports und vieles mehr.

  • hat eine modulare Struktur; dies erlaubt in Verbindung mit der verwendeten Entwicklungsumgebung die schnelle Programmierung von zusätzlicher Funktionalität oder Präsentationsfenstern; die aktuelle Benutzeroberfläche kann leicht an die Bedürfnisse des jeweiligen Nutzers oder Projektes angepasst werden.


Funktionen in OrgaCount


OrgaCount kann zum Zählen von Zellen und zur Bestimmung der Biovolumina eingesetzt werden. Dabei können voreingestellte oder Ad-hoc-Zählmodi ausgewählt werden. In den voreingestellten Modi werden Größenklassen, Biovolumina und andere Statistikwerte vor dem Zählen definiert. In den Ad-hoc-Zählmodi werden Größenklassen- und Biovolumendaten während des Zählvorgangs dynamisch berechnet.


OrgaCount kann begleitend in Projekten eingesetzt werden, die in der Analyse mit festgelegten Spezies und Größenklassen arbeiten.

Alle Module der Anwendung sind in einer hierarchischen Baumstruktur mit vier Ebenen organisiert. Das erlaubt eine leichte und übersichtliche Navigation und gewährleistet eine Übersicht über die Beziehungen zwischen den verschiedenen Einheiten auf alle Organisationsebenen.

Entsprechend sind die Zähldaten hierarchisch nach Projekten, Zeit, Proben und Zählvorgängen organisiert. Für jede Organisationsebene gibt es Funktionen zum Anzeigen detaillierter Information und zum Editieren. Die Anwendungsmodule enhalten außerdem Felder für Standard-Metadaten, die aber jederzeit um eine unbegrenzte Anzahl von weiteren benutzerdefinierten Feldern erweitert werden können.



OrgaCount kann für die meisten Funktionen individuell angepasst werden, so zum Beispiel im Zähl- und Tastaturlayout, bei den Artenlisten und bei den Biovolumina.




Zähllayout:

  • OrgaCount bietet eine Anzahl benutzerfreundlicher Zähllayouts an. Diese Layouts sind in HTML-Vorlagen definiert und von dem Kern der Anwendung getrennt. Die Liste dieser Layouts kann leicht erweitert werden, um den Bedürfnissen der verschiedenen Benutzer entgegen zu kommen.

  • Die Zähllayouts und andere Einstellungen können jederzeit während einer Zählsitzung geändert werden, ohne den eigentlichen Zählvorgang zu unterbrechen.

  • Die Zähllayouts können sowohl Taxa als auch Größenklassen enthalten. Erfassungen beider Parameter werden separat abgespeichert, um den Zählablauf zu jeder Zeit dokumentieren zu können.

  • Für einen Eintrag kann das Zähllayout ein Icon, den Namen des Taxons und die Größenklasse, die zugeordnete Keyboard-Taste zum Zählen, die gezählte Anzahl, den Zählfaktor und die ausgezählte Fläche sowie ein Link zu den individuellen Einstellungen oder, im Fall des Ad-hoc-Zählmodus, zu den Biovolumina anzeigen.

  • Popup-Fenster ermöglichen die Anzeige von zusätzlicher Information, von Steuerelementen für individuelle Einstellungen oder von Biovolumendaten.

  • Für jeden Eintrag im Zähllayout kann ein separater Zählfaktor verwendet werden, der Eintrag kann individuell "eingefroren" werden und er kann eine Angabe über den Vertrauensbereich der Bestimmung enthalten.

  • Sätze von Arten- und Größenklasseneinträgen können vordefiniert und für die Verwendung in Zählsitzungen gespeichert werden. Diese Einträge können auf Basis der taxonomischen Erfahrungen des Anwenders sowie der saisonalen Änderungen in der Artenzusammensetzung individuell zusammengestellt werden. Die Einträge können in OrgaCount während des Zählvorgangs jederzeit geändert werden.

"Master"-Artenliste:

  • Falls neue Arten in den Proben ermittelt werden, können diese unter Verwendung spezieller Module in die "Master"-Artenliste eingetragen werden.

Berichte:

  • Individuelle Berichte können während der Zählsitzung und auf Probenebene erzeugt werden. Sie können direkt von der Benutzeroberfläche aus ausgedruckt oder auch als Excel- oder CSV-Dateien gespeichert werden.

Hilfe:

  • Um mit sich mit dem Programm OrgaCount schnell vertraut machen zu können, sind kleine Tutorien und Hilfe-Dateien wie auch Video-Demonstrationen in der Anwendung verfügbar.

System-Anforderungen:

  • OrgaCount läuft als Server-Anwendung in einem breiten Spektrum von Betriebssystemen inklusive verschiedener Versionen von Linux und Windows. Eine Web-Version der Anwendung, die regelmäßige Updates erhält und automatische Backups fährt, wird auf dem AquaEcology-Server angeboten.

  • OrgaCount kann außerdem lokal von allen gängigen Medientypen wie Festplatten, Compact-Flashs, USB-Sticks oder SD-Karten gestartet werden. Obwohl auch diese lokalen Versionen in einer Serverumgebung laufen, erfordern sie keinerlei zusätzliche Softwareinstallation.

  • OrgaCount verwendet eine mySQL-Datenbank zum Speichern der Zähldaten, eine der schellsten und zuverlässigsten Open-Source-Datenbanksysteme, die weltweit verfügbar sind. Daher können die Daten auch direkt durch Fremdprogramme ohne die Verwendung von OrgaCount leicht ausgelesen werden.

  • Client-Anforderungen: Zum Start von OrgaCount benötigen Sie lediglich einen Webrowser. Zum Testen von OrgaCount wurden Firefox 3, Internet Explorer 7 und Opera 9 eingesetzt.


Lizensierung von OrgaCount


Um den speziellen Bedürfnissen und Anforderungen der Kunden entgegen zu kommen, bietet OrgaCount ein sehr flexibles Lizenzsystem an. Hierbei wird zunächst unterschieden, ob es sich um die lokale Version von OrgaCount auf einem vorkonfigurierten Mobilgerät handelt, die auch für Feldeinsätze verwendet werden kann, oder um eine Server-Version. Letzte kann auf dem eigenen Serversystem im lokalen Netzwerk oder einem AquaEcology Sicherheitsserver installiert werden.

Die bei AquaEcology gehostete Serverinstallation hat viele Vorteile:

  • Der User kann von überall auf der Welt auf seine Daten zugreifen, und das ohne zusätzliche Softwareinstallation; es wird lediglich ein Internetbrowser benötigt.

  • Es können mehrere User gleichzeitig und von verschiedenen Orten in der Welt aus auf dem System arbeiten.

  • Es kann eine optimale Unterstützung bei der Einrichtung und Verwendung des Systems gewährleistet werden, entweder durch AquaEcology oder andere externe Kollegen.

  • Bei Servern, die durch AquaEcology gehostet werden, können darüber hinaus Funktionen für automatische Updates der Software und Backups der Daten eingerichtet werden.




Schulung


OrgaCount ist ein komplexes und umfangreiches Programmsystem. Es enthält eine Vielzahl von Funktionen und Möglichkeiten für den Benutzer. Das Handbuch und die Online-Hilfen bieten bei der Erschließung der Programmfunktionen bereits eine wertvolle Unterstützung. Um einen möglichst effizienten Lernerfolg und eine schnelle Einarbeitung zu gewährleisten, bietet AquaEcology darüber hinaus Schulungskurse für OrgaCount für Einzelpersonen und Gruppen an.

Für Schulungen bietet unser Unternehmen verschiedene individuelle Modelle an:

  • Einzelschulung vor Ort:
    Einer unser Schulungskollegen kommt zu Ihnen in Ihr Institut/ Ihr Unternehmen/ Ihre Dienststelle und geht individuell auf die Bedürfnisse und Fragen des Anwenders ein.

  • Gruppenschulung vor Ort:
    Einer unser Schulungskollegen kommt zu Ihnen in Ihr Institut/ Ihr Unternehmen/ Ihre Dienststelle und vermittelt Ihrem Team einen systematischen und detaillierten Überblick über das OrgaCount-Programmsystem. Hierbei werden natürlich individuelle Fragestellungen berücksichtigt.

  • Einzel- oder Gruppenschulung in Seminarräumen bei AquaEcology in Oldenburg.
    Wenn Sie von fern anreisen, sind wir gern bei der Vermittlung einer geeigneten Unterkunft behilflich.


Sprechen Sie uns an, lassen Sie sich beraten und wir erstellen Ihnen ein passendes Angebot.


Weitere Informationen über OrgaCount


Grundlegende Information über OrgaCount in Textform sind auf der OrgaCount-Webseite verfügbar.

Eine kurze Übersicht gibt Ihnen unser OrgaCount-Flyer im PDF-Format (ca. 2 MB Größe):




Unsere Zusammenstellung 'Erste Schritte' weist Ihnen einen schnellen und direkten Einstieg in die Bedienung des Programms (PDF-Datei, ca. 550 KB Größe):




Sie können natürlich auch gern das vollständige Handbuch von OrgaCount im PDF-Format herunterladen (ca. 2,4 MB Größe, nur in Englisch verfügbar):




Um den Flyer lesen zu können, benötigen Sie einen PDF-Reader; die Anwendung Acrobat Reader®ist von der Adobe®-Webseite frei erhältlich:



Sie können OrgaCount als Demoversion direkt auf dem OrgaCount-Server testen.

Testen Sie das Programm und lassen Sie sich von den Vorzügen einer modernen State-of-the-Art-Software überzeugen!